ผู้อำนวยการเว็บไซต์ประชาไท ถูกจับกุมครั้งแรกที่สำนังานประชาไทเมื่อวันที่ 6 มีนาคม 2552 และได้รับการปล่อยตัวชั่วคราวในวันเดียวกัน  โดยถูกแจ้งข้อกล่าวหาว่ามีความผิดตามมาตรา 14 และ มาตรา 15 ใน พรบ.ว่าด้วยการกระทำความผิดเกี่ยวกับคอมพิวเตอร์ จำนวน 10 กรรม โดยมีการจำแนกความผิดแต่ละกรรมตามรายกระทู้ที่มีการพิจารณาว่ามีความผิด จากนั้นพนักงานสอบสวนส่งสำนวนคดีต่ออัยการเมื่อวันที่ 1 มิถุนายน 2552 และอัยการดำเนินการส่งฟ้องต่อศาลเมื่อวันที่ 31 มีนาคม 2553 ซึ่งมีกำหนดการสืบพยานในชั้นศาลในเดือนกุมภาพันธ์ 2554 

เมื่อ 24 กันยายน 2553 ถูกจับกุมเป็นครั้งที่ 2 ที่สนามบินสุวรรณภูมิ หลังจากที่เพิ่งเดินทางกลับมาจากการประชุมเสรีภาพอินเทอร์เน็ต ที่ประเทศฮังการี จากนั้นถูกควบคุมตัวโดยทางรถยนตร์ไปที่ สภอ.ขอนแก่น ซึ่งเป็นหน่วยงานที่ดำเนินคดี และได้รับการปล่อยตัวชั่วคราวในคืนนั้น 

คดีดังกล่าวเริ่มจากมีชายผู้หนึ่งมาแจ้งความไว้ เมื่อวันที่ 28 เมษายน 2551 เกี่ยวกับข้อความที่มีผู้อ่านโพสต์แสดงความเห็นไว้ระหว่างวันที่ 21-27 เมษายน 2551 ในส่วนท้ายบทสัมภาษณ์โชติศักดิ์ อ่อนสูง จากกรณีที่เขาถูกดำเนินคดีหมินพระบรมเดชานุภาพ อันเนื่องมาจากการไม่ยืนในระหว่างการบรรเลงเพลงสรรเสริญพระบารมีในโรงภาพยนตร์

การจับกุมครั้งนี้เป็นไปตามหมายจับที่ออกโดยศาลจังหวัดขอนแก่นเมื่อวันที่ 8 กันยายน 2552 โดยข้อกล่าวหาในคดีคือ มาตรา 14, มาตรา 15 ใน พรบ.ว่าด้วยการกระทำความผิดเกี่ยวกับคอมพิวเตอร์ และมาตรา 112, มาตรา 116 ในประมวลกฎหมายอาญา

ปัจจุบันจีรนุชต้องเดินทางไปรายงานตัวต่อพนักงานสอบสวนที่จังหวัดขอนแก่นเดือนละครั้ง โดยครั้งแรกเมื่อวันที่ 28 ตุลาคม 2553